มาลินี อินฉัตร เป็นนักการเมืองท้องถิ่น เคยได้รับแต่งตั้งรองนายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดศรีสะเกษ เข้าสู่สนามเลือกตั้งระดับชาติในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2544 สังกัดพรรคชาติพัฒนา แต่แพ้ให้กับร้อยโท กุเทพ ใสกระจ่าง ก่อนจะได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร จังหวัดศรีสะเกษ ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2548 ในสังกัดพรรคไทยรักไทย[2] ต่อมาในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2550 ได้ย้ายมาลงสมัครรับเลือกตั้งในสังกัดพรรครวมใจไทยชาติพัฒนา แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง โดยแพ้ให้กับร้อยโทกุเทพ ใสกระจ่าง อีกครั้ง ต่อมาได้มีการเลือกตั้งซ่อมแทน ร.ท.กุเทพ ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2552 แต่นางสาวมาลินี ก็ไม่ได้รับเลือกตั้ง โดยแพ้ให้กับนางสาวจิรวดี จึงวรานนท์ จากพรรคประชาราช จากนั้นในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2554 ได้ลงสมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ ลำดับที่ 71[3] สังกัดพรรคเพื่อไทย แต่ก็ไม่ได้รับเลือกตั้ง

ในปี พ.ศ. 2554 ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้ช่วยรัฐมนตรี กระทรวงการพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์[4] และได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกสภาผู้แทนราษฎร แบบบัญชีรายชื่อ (เลื่อนแทนนายยงยุทธ วิชัยดิษฐ) ในเดือนตุลาคม พ.ศ. 2555[5]

ในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2557 เธอได้สมัครรับเลือกตั้งในระบบบัญชีรายชื่อ สังกัดพรรคเพื่อไทย ลำดับที่ 102[6]